シーケンサーはホモポリマーを読むのが苦手という弱点があります。
次世代シーケンサーのMiSeq はこの点に強いと紹介されており（こちら）、我々も実際にMiseqのデータを扱うことが多いので今回ホモポリマーに着目してみました。
続きを読む ホモポリマーの解析 : MiSeq
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こんにちは。社員Lです。
今回取り上げるテキストエディタとは、いわゆるメモ帳です。 ただ下記で紹介するソフトや他のテキストエディタには、便利な機能の付いたものが多数存在します。 続きを読む テキストエディタ「Sublime Text3」でプログラミング →
前回、「Windowsにperl環境を構築する」と題してActivePerlをインストールしました。
今回は、実際にperlプログラムを実行してみましょう。 続きを読む WindowsでPerlプログラムを実行する →
Perl はバイオインフォマティクスを行う上で非常に有用なプログラミング言語です。テキスト処理にすぐれ、またCや Java 等と比べて短い行数で必要な処理を行うことができるため、簡単に手早くプログラミングを行うことができます。
続きを読む WindowsにPerl環境を構築する →
以前、仮想環境の構築やバイオデータベースのファイルをご紹介しました。今度はこちらを活用し、実際に解析を行ってみましょう！
続きを読む 仮想環境でデータ解析にチャレンジ →
バイオデータには様々なファイルのフォーマット定義があります。フォーマットによって、ファイルにどのような情報が入っているかが異なります。このフォーマットを判別するのには「拡張子」を用います。
続きを読む ファイルのフォーマットを判別する →
どんなソフトウェアでもそうですが、デフォルトだと痒い所に手が届かないものです。
例えば前回の記事「Oracle VM VirtualBoxを使って仮想環境を構築する」で述べた通り、ウインドウサイズの変更をしても、作業ウインドウは大きくなりません。 こういったちょっとした小技について、ここでは取り上げたいと思います。 続きを読む Oracle VM VirtualBoxの小技 →
以前Tipsでも紹介した通り、VMware Playerを愛用しておりましたが、Twitterでつぶやいた通り今後どうなるか分からないので、この度Oracle VM VirtualBoxに切り替えることにしました。
続きを読む Oracle VM VirtualBoxを使って仮想環境を構築する →
世の中のデータファイルにはいろんな形式があります。
バイオデータベースで採用されているファイル形式にも、以下のような様々な形式があります。 続きを読む バイオデータベースで取得した巨大ファイルを目でみたい →
最近バイオとは関係ないツールの話ばっかりなので所属長に怒られてしまいました。
ですので今回は新しく出る（出た？）Illuminaのシーケンサーについてご紹介いたします。 その名も"Miniseq"。Miseqじゃありません。”みに”です。 続きを読む Illuminaから新型NGSシーケンサー”Miniseq”が発売！ → |