RNA-Seq 発現量比較
データ作成サービス

 RNA-seqを手軽に使うためのクラウド型解析ツールです。 RNA-seqデータからサンプル間比較ファイルを作成します。
手順はたったの 3 ステップ
  • ファイルのアップロード
  • パラメーターの設定      
  • 結果のダウンロード      

 近年幅広く利用されているNGSですが、データの解析ステップではまだまだ時間と手間がかかります。

閾値を変更して・・・チェックをして・・・また閾値を変更して・・・

 新規の実験手法の構築が目的ならまだしも、単なる発現解析にそんなコストをかけるのは非常に無駄です。 この手間を解消することができれば、より多くの時間を研究結果の考察に費やせるのではないでしょうか。

 このサービスは RNA-seq データ解析をパイプライン化、FASTQデータのアップロードを行うだけで比較解析の結果を得られます。 是非ご活用ください。

単純なデータ解析で悩まない
時間は「考える」ために使う
ご利用の流れ
いつでもどこでも
 NGSから出力されたFASTQファイルをアップロードして使用します。クラウドなので、いつでもどこでもデータのアップロード、ダウンロードが可能です。
簡単操作
 ファイルをアップロードした後は、解析画面からファイルを選択するだけでも実行できます。サンプルのグルーピングも簡単です。
結果サンプル
 解析を実行すると、下記のデータが作成されます。リンクから納品データのサンプルをダウンロードできます。
Expression Data
 各遺伝子ごとの発現量を示した表です。下表内の Expression Data は各サンプル群における発現量を示した数値です。ノーマライズ後の数値となっておりますので任意の群間において比較が可能です。(FPKM ノーマライズを行っております。)
Expression Plots
 コントロールに対する各グループの発現量をプロットしています。対数表示については発現量が 0 の遺伝子を除外しております。全て Control を x 軸としてプロットしています。
データ解析のフロー
 構成フローやツールは右図、下の表のような一般的に使用される内容となっている為、安心してご利用いただけます。アノテーションは NCBI の GenBank と RefSeq、Gene Ontology を見ることができます。
NameVersion
FastQC0.11.5
TopHat22.1.1
SAMtools1.3.1
Picard2.5.0
Cufflinks2.2.1