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 今回はいつもと違いまして、検証を行ってみました。NCBIに登録されているゲノムの一覧をとってきて、Taxonomy のランクごとにサイズを見てみます。使用したゲノムの一覧は NCBI のデータがある FTP の「Genome」フォルダからとってきました。全データが載っている overview.txt (更新日時 2018/11/20 21:48:00)です。 続きを読む ゲノムのサイズ感をつかむ
 次世代シーケンサー(NGS)では、機種以外に機種ごとにシーケンスの手法を選ぶことができます。配列断片から単純に数百 base シーケンスするほかに、「同じ配列断片から複数個所シーケンスする」手法があります。有名なので例を挙げると Paired-End のことです。これに、どんな利点があるのかお話いたします。 続きを読む 同じ配列断片から複数個所シーケンスする利点とは
 今更ですが、こちらの方でこの話題をやっていなかったので書こうと思います。実は講座サービスページのサンプルに同じ内容があります。このサンプルのPDFが「NGS」で検索すると結構な上位に表示されており、「PDFがヒットしちゃうのか」と思ったのが今回の話題のきっかけです。 続きを読む 次世代シーケンサー(NGS)とは
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 今回はいつもと違いまして、検証を行ってみました。NCBIに登録されているゲノムの一覧をとってきて、Taxonomy のランクごとにサイズを見てみます。使用したゲノムの一覧は NCBI のデータがある FTP の「Genome」フォルダからとってきました。全データが載っている overview.txt (更新日時 2018/11/20 21:48:00)です。 続きを読む ゲノムのサイズ感をつかむ
 次世代シーケンサー(NGS)では、機種以外に機種ごとにシーケンスの手法を選ぶことができます。配列断片から単純に数百 base シーケンスするほかに、「同じ配列断片から複数個所シーケンスする」手法があります。有名なので例を挙げると Paired-End のことです。これに、どんな利点があるのかお話いたします。 続きを読む 同じ配列断片から複数個所シーケンスする利点とは
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 今回はいつもと違いまして、検証を行ってみました。NCBIに登録されているゲノムの一覧をとってきて、Taxonomy のランクごとにサイズを見てみます。使用したゲノムの一覧は NCBI のデータがある FTP の「Genome」フォルダからとってきました。全データが載っている overview.txt (更新日時 2018/11/20 21:48:00)です。 続きを読む ゲノムのサイズ感をつかむ
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