今回はRのパッケージインストールのエラーについてです。R の講座を開催した際に遭遇したトラブルで、いくつか現場で解決できなかったものがありましたので調査いたしました。以下、結果となります。 続きを読む Rパッケージインストールエラー対策
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統計ソフトRは大きなサイズのデータを扱うこともでき、さらに高速な計算を行うことができることから次世代シーケンサー（NGS）のデータ解析にもよく用いられます。今回はWindowsを基準として導入と、バイオインフォマティクスに用いられるパッケージを配布しているBioConductorからのパッケージインストールについてご紹介します。
続きを読む 統計ソフトRの導入 →
次世代シーケンサーにおける遺伝子発現量解析はRNA-Seqとよく呼ばれています。「Seq」とある通り、蛍光強度を見るのではなくシーケンス配列を取得するものになります。今回はこの配列から「どのように発現量を計算するのか」をお話いたします。
続きを読む 次世代シーケンサーでの遺伝子発現量解析 →
弊社の新サービスであるオンライン解析ツール「RNA-Seq発現量比較データ作成サービス」についてのご利用方法をご説明します。
このページでは"解析状況の確認方法"を掲載いたします。(最終更新日2017/2/10) 続きを読む 解析状況の確認方法【RNA-Seq発現量比較データ作成サービス】 →
弊社の新サービスであるオンライン解析ツール「RNA-Seq発現量比較データ作成サービス」についてのご利用方法をご説明します。
このページでは"データのアップロードから解析まで"の方法を掲載いたします。(最終更新日2017/2/10) 続きを読む データのアップロードから解析まで【RNA-Seq発現量比較データ作成サービス】 →
弊社の新サービスであるオンライン解析ツール「RNA-Seq発現量比較データ作成サービス」についてのご利用方法をご説明します。
このページでは"ご利用申請から利用開始まで"の方法を掲載いたします。(最終更新日2017/2/10) 続きを読む ご利用申請から利用開始まで【RNA-Seq発現量比較データ作成サービス】 →
前回アライメントについての記事を投稿いたしましたが、今回はそのロジックを用いているツールの内、ローカルアライメントを行うものをいくつか、それぞれの特徴とともにご紹介いたします。 続きを読む マッピングツール – ローカルアライメント – →
NGSデータ解析におけるアライメントは、マッピングなどの配列（文字の並び）を比較の際に出てくる用語です。NGSはシーケンス配列を得るための機器のため、アライメントが最も重要となる計算です。 続きを読む シーケンスアライメントの計算 →
ゲノムサイズが未知で、Whole-genomeを使っての集団解析を行うのは厳しい、それでも解析を行いたいというときに活躍する方法としてRAD-seq（Restriction-site Associated DNA Sequencing）という方法を紹介します。
続きを読む 非モデル生物などから比較的安価に集団解析をする方法（RAD-seq） → ゲノム配列を取得する方法はいくつかあります。 IGVなどのゲノムビューワーでは、あらかじめよく使われるモデル生物がリストアップされており、そこからゲノム配列の取得をすることができます。しかし、ゲノム配列にはバージョンが存在するので、自分のほしいデータとバージョンが一致しているかどうか、ゲノム配列を取得する際には注意しなければなりません。続きを読む ゲノム配列を取得する際の注意点 → |