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The Cancer Genome Atlas(TCGA)では膨大ながん関連遺伝子発現データや腫瘍画像データが公開されており、日々がん研究に役立てられています。


今回は、The Cancer Genome AtlasからRNA-seqの発現量データをLinuxコマンドで一括ダウンロードする方法を説明します。

続きを読む The Cancer Genome Atlas(TCGA)からRNA-seqデータを一括ダウンロードする

 久しぶりの更新となってしまい申し訳ありません。
今回は初心に帰ってFASTAファイルについてになります。


 FASTAファイルはバイオインフォマティクスをやっていなくてもご利用されている方もいらっしゃるかと思います。
そうでない方も、シンプルなのにたくさんの情報が詰まった便利なファイルですので是非ご確認ください。 続きを読む FASTAファイルについて
 今回はいつもと違いまして、検証を行ってみました。NCBIに登録されているゲノムの一覧をとってきて、Taxonomy のランクごとにサイズを見てみます。使用したゲノムの一覧は NCBI のデータがある FTP の「Genome」フォルダからとってきました。全データが載っている overview.txt (更新日時 2018/11/20 21:48:00)です。 続きを読む ゲノムのサイズ感をつかむ
 次世代シーケンサー(NGS)では、機種以外に機種ごとにシーケンスの手法を選ぶことができます。配列断片から単純に数百 base シーケンスするほかに、「同じ配列断片から複数個所シーケンスする」手法があります。有名なので例を挙げると Paired-End のことです。これに、どんな利点があるのかお話いたします。 続きを読む 同じ配列断片から複数個所シーケンスする利点とは

The Cancer Genome Atlas(TCGA)では膨大ながん関連遺伝子発現データや腫瘍画像データが公開されており、日々がん研究に役立てられています。


今回は、The Cancer Genome AtlasからRNA-seqの発現量データをLinuxコマンドで一括ダウンロードする方法を説明します。

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今回は初心に帰ってFASTAファイルについてになります。


 FASTAファイルはバイオインフォマティクスをやっていなくてもご利用されている方もいらっしゃるかと思います。
そうでない方も、シンプルなのにたくさんの情報が詰まった便利なファイルですので是非ご確認ください。 続きを読む FASTAファイルについて
 今回はいつもと違いまして、検証を行ってみました。NCBIに登録されているゲノムの一覧をとってきて、Taxonomy のランクごとにサイズを見てみます。使用したゲノムの一覧は NCBI のデータがある FTP の「Genome」フォルダからとってきました。全データが載っている overview.txt (更新日時 2018/11/20 21:48:00)です。 続きを読む ゲノムのサイズ感をつかむ
 次世代シーケンサー(NGS)では、機種以外に機種ごとにシーケンスの手法を選ぶことができます。配列断片から単純に数百 base シーケンスするほかに、「同じ配列断片から複数個所シーケンスする」手法があります。有名なので例を挙げると Paired-End のことです。これに、どんな利点があるのかお話いたします。 続きを読む 同じ配列断片から複数個所シーケンスする利点とは
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 今回はいつもと違いまして、検証を行ってみました。NCBIに登録されているゲノムの一覧をとってきて、Taxonomy のランクごとにサイズを見てみます。使用したゲノムの一覧は NCBI のデータがある FTP の「Genome」フォルダからとってきました。全データが載っている overview.txt (更新日時 2018/11/20 21:48:00)です。 続きを読む ゲノムのサイズ感をつかむ
 次世代シーケンサー(NGS)では、機種以外に機種ごとにシーケンスの手法を選ぶことができます。配列断片から単純に数百 base シーケンスするほかに、「同じ配列断片から複数個所シーケンスする」手法があります。有名なので例を挙げると Paired-End のことです。これに、どんな利点があるのかお話いたします。 続きを読む 同じ配列断片から複数個所シーケンスする利点とは