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 統計ソフトRは大きなサイズのデータを扱うこともでき、さらに高速な計算を行うことができることから次世代シーケンサー(NGS)のデータ解析にもよく用いられます。今回はWindowsを基準として導入と、バイオインフォマティクスに用いられるパッケージを配布しているBioConductorからのパッケージインストールについてご紹介します。
続きを読む 統計ソフトRの導入
 次世代シーケンサーにおける遺伝子発現量解析はRNA-Seqとよく呼ばれています。「Seq」とある通り、蛍光強度を見るのではなくシーケンス配列を取得するものになります。今回はこの配列から「どのように発現量を計算するのか」をお話いたします。
続きを読む 次世代シーケンサーでの遺伝子発現量解析
弊社の新サービスであるオンライン解析ツール「RNA-Seq発現量比較データ作成サービス」についてのご利用方法をご説明します。
このページでは"データのアップロードから解析まで"の方法を掲載いたします。(最終更新日2017/2/10)
続きを読む データのアップロードから解析まで【RNA-Seq発現量比較データ作成サービス】
弊社の新サービスであるオンライン解析ツール「RNA-Seq発現量比較データ作成サービス」についてのご利用方法をご説明します。
このページでは"ご利用申請から利用開始まで"の方法を掲載いたします。(最終更新日2017/2/10)
続きを読む ご利用申請から利用開始まで【RNA-Seq発現量比較データ作成サービス】
ゲノムサイズが未知で、Whole-genomeを使っての集団解析を行うのは厳しい、それでも解析を行いたいというときに活躍する方法としてRAD-seq(Restriction-site Associated DNA Sequencing)という方法を紹介します。
続きを読む 非モデル生物などから比較的安価に集団解析をする方法(RAD-seq)
 ゲノム配列を取得する方法はいくつかあります。
 IGVなどのゲノムビューワーでは、あらかじめよく使われるモデル生物がリストアップされており、そこからゲノム配列の取得をすることができます。しかし、ゲノム配列にはバージョンが存在するので、自分のほしいデータとバージョンが一致しているかどうか、ゲノム配列を取得する際には注意しなければなりません。
続きを読む ゲノム配列を取得する際の注意点
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 統計ソフトRは大きなサイズのデータを扱うこともでき、さらに高速な計算を行うことができることから次世代シーケンサー(NGS)のデータ解析にもよく用いられます。今回はWindowsを基準として導入と、バイオインフォマティクスに用いられるパッケージを配布しているBioConductorからのパッケージインストールについてご紹介します。
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 次世代シーケンサーにおける遺伝子発現量解析はRNA-Seqとよく呼ばれています。「Seq」とある通り、蛍光強度を見るのではなくシーケンス配列を取得するものになります。今回はこの配列から「どのように発現量を計算するのか」をお話いたします。
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ゲノムサイズが未知で、Whole-genomeを使っての集団解析を行うのは厳しい、それでも解析を行いたいというときに活躍する方法としてRAD-seq(Restriction-site Associated DNA Sequencing)という方法を紹介します。
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 ゲノム配列を取得する方法はいくつかあります。
 IGVなどのゲノムビューワーでは、あらかじめよく使われるモデル生物がリストアップされており、そこからゲノム配列の取得をすることができます。しかし、ゲノム配列にはバージョンが存在するので、自分のほしいデータとバージョンが一致しているかどうか、ゲノム配列を取得する際には注意しなければなりません。
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 次世代シーケンサーにおける遺伝子発現量解析はRNA-Seqとよく呼ばれています。「Seq」とある通り、蛍光強度を見るのではなくシーケンス配列を取得するものになります。今回はこの配列から「どのように発現量を計算するのか」をお話いたします。
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