統計ソフトRは大きなサイズのデータを扱うこともでき、さらに高速な計算を行うことができることから次世代シーケンサー（NGS）のデータ解析にもよく用いられます。今回はWindowsを基準として導入と、バイオインフォマティクスに用いられるパッケージを配布しているBioConductorからのパッケージインストールについてご紹介します。
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次世代シーケンサーにおける遺伝子発現量解析はRNA-Seqとよく呼ばれています。「Seq」とある通り、蛍光強度を見るのではなくシーケンス配列を取得するものになります。今回はこの配列から「どのように発現量を計算するのか」をお話いたします。
続きを読む 次世代シーケンサーでの遺伝子発現量解析 →
弊社の新サービスであるオンライン解析ツール「RNA-Seq発現量比較データ作成サービス」についてのご利用方法をご説明します。
このページでは"解析状況の確認方法"を掲載いたします。(最終更新日2017/2/10) 続きを読む 解析状況の確認方法【RNA-Seq発現量比較データ作成サービス】 →
弊社の新サービスであるオンライン解析ツール「RNA-Seq発現量比較データ作成サービス」についてのご利用方法をご説明します。
このページでは"データのアップロードから解析まで"の方法を掲載いたします。(最終更新日2017/2/10) 続きを読む データのアップロードから解析まで【RNA-Seq発現量比較データ作成サービス】 →
弊社の新サービスであるオンライン解析ツール「RNA-Seq発現量比較データ作成サービス」についてのご利用方法をご説明します。
このページでは"ご利用申請から利用開始まで"の方法を掲載いたします。(最終更新日2017/2/10) 続きを読む ご利用申請から利用開始まで【RNA-Seq発現量比較データ作成サービス】 →
前回アライメントについての記事を投稿いたしましたが、今回はそのロジックを用いているツールの内、ローカルアライメントを行うものをいくつか、それぞれの特徴とともにご紹介いたします。 続きを読む マッピングツール – ローカルアライメント – →
NGSデータ解析におけるアライメントは、マッピングなどの配列（文字の並び）を比較の際に出てくる用語です。NGSはシーケンス配列を得るための機器のため、アライメントが最も重要となる計算です。 続きを読む シーケンスアライメントの計算 →
ゲノムサイズが未知で、Whole-genomeを使っての集団解析を行うのは厳しい、それでも解析を行いたいというときに活躍する方法としてRAD-seq（Restriction-site Associated DNA Sequencing）という方法を紹介します。
続きを読む 非モデル生物などから比較的安価に集団解析をする方法（RAD-seq） → ゲノム配列を取得する方法はいくつかあります。 IGVなどのゲノムビューワーでは、あらかじめよく使われるモデル生物がリストアップされており、そこからゲノム配列の取得をすることができます。しかし、ゲノム配列にはバージョンが存在するので、自分のほしいデータとバージョンが一致しているかどうか、ゲノム配列を取得する際には注意しなければなりません。続きを読む ゲノム配列を取得する際の注意点 →
こんにちは。以前、テキストエディタ「Sublime Text3」について紹介しました。
Sublime Text3にはビルドシステムがあるため、Sublime Text3上でプログラムの実行を行うことができます。 続きを読む Sublime Text3上でPerlを実行する → |