今回はRのパッケージインストールのエラーについてです。R の講座を開催した際に遭遇したトラブルで、いくつか現場で解決できなかったものがありましたので調査いたしました。以下、結果となります。
R講座で使用した式はこちら。「#」から始まる式を使いたい場合は「#」を消してご利用ください。
※ 下記の調査結果は弊社の持っている環境では素直にインストール、動作が確認できてしまったので検証できておりません。ご参考程度にしていただければと思います。
パッケージインストールに関するエラー
biocLite 関数が読み込めない（エラーメッセージがない）
別のインターネットに接続して、実行してみてください。詳しい原因は不明ですが、ネットワークのセキュリティ問題かと思われます。
パッケージインストールができない
R を管理者として起動して、パッケージのインストールを行ってください。
R がパッケージのインストール先のフォルダにアクセスできないことがあるそうです。管理者として起動する方法は R のアイコンで右クリックを行い、「管理者として実行」を選択します。
R がパッケージのインストール先のフォルダにアクセスできないことがあるそうです。管理者として起動する方法は R のアイコンで右クリックを行い、「管理者として実行」を選択します。
cummeRbund パッケージ特有のエラー
インストール時にエラーが出ないが、library 関数で呼び出せない
ggplot2をインストールします。
install.packages(“ggplot2”,dependencies=TRUE) # インストールの式
cummeRbund は ggplot2 の関数を使っているみたいなのですが、インストール時に ggplot2 が入らないときがあるそうです。そのため、手動で入れる必要があります。
readCufflinks 関数で読み込んだデータが空になる
R のバージョン 3.3.3 を使用してください。【Previous Releases of R for Windows】
cummeRbund がデータファイル作成時に使用しているパッケージ RSQLite のバージョン 2.0 でバグが報告されています。R のバージョン 3.3.3 では 1.1-2 がインストールされ、読み込みが可能です。バグが修正されるのを待ちましょう。（2017/7/4 現在）
データが空になるのは、データフォルダに読み込み失敗時のデータベースファイルが残っているときです。readCufflinks 関数はこのデータベースファイルが存在すると、こちらからデータを読み込むようです。rebuild=TRUE でオプションを指定することでデータベースファイルの再作成ができます。
cummeRbund がデータファイル作成時に使用しているパッケージ RSQLite のバージョン 2.0 でバグが報告されています。R のバージョン 3.3.3 では 1.1-2 がインストールされ、読み込みが可能です。バグが修正されるのを待ちましょう。（2017/7/4 現在）
データが空になるのは、データフォルダに読み込み失敗時のデータベースファイルが残っているときです。readCufflinks 関数はこのデータベースファイルが存在すると、こちらからデータを読み込むようです。rebuild=TRUE でオプションを指定することでデータベースファイルの再作成ができます。
