項目や書き方はマニュアルに記載されているので、注意点のみ書きます。

• いよいよreadデータをアップロードするわけですが、そのためには登録する権限を取得しなくてはいけません。
  そのため“公開鍵”を登録しましょう。公開鍵作成の仕方はマニュアルに書いてあります。
  ☞DDBJ Handbook 公開鍵/秘密鍵ペアの生成
• 秘密鍵は “id_rsa” 、公開鍵は “id_rsa.pub”として保存されているはずなので、id_rsa.pubを登録してください。

• Accountをクリック
  
• 一番下にあるPublic Key欄の“ファイルを選択”ボタンを押して公開鍵を選択し、Register public keyボタンで登録する。
  （登録が完了するとUpdateボタンの上に青字で、public key is registeredと表示される。）
  

これで公開鍵の登録は終了です。

☞マニュアルはこちら

BAM

Runに登録する際には、 「INSDC, refseq アクセッション番号 OR リファレンス配列 fasta」，「SN と リファレンス配列 の対応表」が必要です。
Analysis に登録する場合、後者は不要です。
BAMは圧縮する必要がありません。
将来，新しいツールで再解析や再アライメントする際に重要であるため，BAM ファイルのみを登録するときはアライメントされなかったリードを含めてください。

fastq

Quality value は phred 形式にしてください。
データ転送に時間がかかる場合には，必要に応じて fastq ファイルを gzip (.gz) もしくは bzip2 (.bz2) で圧縮してください。Bzip2のほうが圧縮率が高いですが、圧縮に4倍くらい時間がかかります。

SFF

sff ファイル中のリード名は，プレート内の位置情報とユニークな run id を反映した情報を含んでいるので，sff ファイルを書き変えないでください。
sffファイル形式はすでに最適化されており，ファイルをさらに圧縮する必要はありません。圧縮していない sff ファイルを送付してください。
sff ファイルに２つ以上のサンプルに由来するデータが含まれている場合は，sff から生成した fastq ファイルをサンプルごとに分割して登録してください。
この際タグ配列やゴミは除去した状態で送る必要があります。
☞DDBJ Omics Archive
Tips
☞シークエンスファイルの分割方法